V roce 2012 a 2013 proběhly v České republice audity Evropské komise DG AGRI a Evropského účetního dvora za účelem posouzení nastavení systému kontrol podmíněnosti.
Na základě výsledků těchto auditů se Ministerstvo zemědělství společně s Českou plemenářskou inspekcí rozhodlo od letošního roku upravit obsah požadavku označování a evidence zvířat v rámci kontrol podmíněnosti tak, aby splňovaly požadavky Evropské legislativy. Tyto úpravy byly provedeny v rámci právního předpisu stanovujícím podmínky podmíněnosti v nařízení vlády č. 479/2009 Sb., o stanovení důsledků porušení podmíněnosti poskytování některých podpor, účinném od 1. 1. 2014 a dále pak úpravou metodiky pro provádění kontrol podmíněnosti.

Registrace hospodářství:
Registrace hospodářství je základní povinnost, kterou musí chovatel splnit. Plnění tohoto požadavku je v rámci podmíněnosti kontrolováno u chovatelů prasat, kteří jsou žadateli o přímé platby popř. žadateli o některé podpory osy II. Programu rozvoje venkova a některé podpory v rámci společné organizace trhu s vínem, u kterých bylo na základě podnětu nebo při jiném šetření zjištěno, že chovají prasata, a nemají hospodářství zaregistrované v ústřední evidenci, popř. nemají zaevidovaný druh chovaných zvířat – prasata.

Kontrola označování:
Kontrolou označování zvířat v rámci kontrol podmíněnosti bylo až do loňského roku zjišťováno, zda jsou na hospodářství zvířata, která nebyla nikdy označena. Za splnění bylo považováno, pokud měla zvířata perforované ušní boltce. 
Od roku 2014 je kontrolou označování ověřováno splnění požadavku:
 „Jsou na kontrolovaném hospodářství zjištěna pouze zvířata, která chovatel označil a identifikoval“?
Pro splnění tohoto požadavku je nezbytné, aby chovatel u zvířat, která ztratila jednu nebo obě ušní známky, doložil jejich identifikovatelnost jinými prostředky. 
V praxi toto znamená zápis ve stájovém registru, zaevidování v ústřední evidenci a předložení průvodního listu.
Při ztrátě obou ušních známek musí chovatel zajistit náhradní označení, které zaznamená do stájového registru a kterému odpovídá konkrétní číslo přidělené ústřední evidencí. 
Dále musí chovatel prokazatelně doložit, že před zahájením kontroly na místě již učinil opatření k nápravě, tzn., že objednal v ústřední evidenci duplikáty ušních známek.

Stájový registr (registr prasat v hospodářství):
Při kontrole stájového registru (nebo registru prasat v hospodářství) se až do loňského roku ověřovala pouze existence této evidence. Způsob vedení stájového registru nebo registru prasat v hospodářství včetně povinné archivace, správnosti a úplnosti údajů byl kontrolován pouze v rámci národní legislativy. 
Od roku 2014 je ověřováno splnění požadavku:
„Je založen a veden stájový registr nebo registr prasat v hospodářství “? 
Pro splnění bodu podmíněnosti bude ověřováno, zda stájový registr nebo registr prasat v hospodářství je založen, veden a aktualizován.
V praxi to znamená, že pro splnění tohoto požadavku je nutné, aby v této evidenci byla zaznamenána veškera fyzicky přítomná zvířata (u prasat všechna hlášení) a byl zde zaznamenán odsun u zvířat fyzicky nepřítomných. Případné formální nedostatky této evidence nebudou považovány za porušení podmíněnosti.

Ústřední evidence:
V oblasti ústřední evidence bylo v rámci kontrol podmíněnosti ověřováno, zda jsou na hospodářství zvířata, která nebyla nikdy zaevidována v databázi ústřední evidence. Nastavení tohoto kontrolního bodu pak pokrývalo pouze nenahlášené narození, což bylo předmětem velké kritiky právě ze strany auditů EU, přestože ostatní změny o zvířatech na hospodářství byly kontrolovány v rámci národní legislativy. 
Od roku 2014 je ověřováno splnění požadavku:
„Jsou všechna fyzicky přítomná zvířata evidována v ústřední evidenci kontrolovaného hospodářství“?
V praxi to znamená, že pro splnění tohoto požadavku je nutné, aby chovatel měl všechna fyzicky přítomná zvířata nahlášená v ústřední evidenci kontrolovaného hospodářství.
Do vyhodnocení tohoto ukazatele nejsou zahrnuta zvířata „na cestě“, tzn. zvířata, která nejsou do 14 dnů od data události (narození, označení, přemístění) nahlášena do ústřední evidence a ani zvířata, která nebyla zaevidována z důvodů chybného hlášení nezaviněného chovatelem.
Součástí tohoto kontrolního bodu bude i samostatné posouzení pozdě hlášených zvířat. Jedná se o zvířata, která nebyla počínaje 15. dnem od data události nahlášena do ústřední evidence kontrolovaného hospodářství, přičemž hlášení zaslaná počínaje 41. dnem od data události budou považována jako závažné porušení.
Včasnost odeslaní hlášení narození a přemístění bude sledována od 1. 1. kontrolovaného roku do data kontroly a to jak u fyzicky přítomných zvířat, tak i u zvířat která byla z hospodářství odsunuta.

Průvodní listy skotu:
Při hodnocení tohoto ukazatele nedochází ke změně posuzování a i nadále se ověřuje, zda kontrolovanému zvířeti byl pověřenou osobou vystaven průvodní list skotu.
Změna je pouze ve formulaci kontrolního bodu, kdy dřívější znění „Nebyla na hospodářství zjištěna zvířata, na která nebyly vydány průvodní listy“? se nahrazuje následovně„Jsou na hospodářství zjištěna pouze zvířata, na která byly vydány průvodní listy skotu pověřenu osobou“?
Kontrola povinných údajů na průvodních listech skotu, platnost, pořadí duplikátu a zaznamenání přesunů na zadní straně části B je součástí národních kontrol a nemá dopad do kontrol podmíněnosti.
Požadavky kontrolované při kontrolách podmíněnosti jsou součástí běžných kontrol národní legislativy. Nejsou přísnější, ale jedná se pouze o základní povinnosti, které musí chovatel v oblasti registrace hospodářství, označování a evidence zvířat a povinných dokladů provázejících zvíře splnit.
Od roku 2009, kdy byly v České republice zavedeny podmínky podmíněnosti (Cross Compliance) došlo k porušení kontrolních bodů cca u 3 – 4 % kontrolovaných žadatelů.
Od letošního roku, kdy dochází ke změně v nastavení systému kontrol podmíněnosti, může dojít k vyššímu procentu porušení a to zejména v oblasti řádného a včasného hlášení změn do ústřední evidence a následnému krácení dotací u jednotlivých žadatelů. 
Změny v nastavení kontrol podmíněnosti, jak je uvedeno výše zajistí soulad s požadavky evropské legislativy a výrazně sníží riziko korekcí pro Českou republiku ze strany Evropské komise za nenaplňování komunitárního práva.